Как распространяется COVID-19 в мире: в НИУ ВШЭ создали симулятор вирусных генеалогий

Генеалогия вирусов позволяет понять, откуда был завезен и между какими популяциями успешно распространился определённый геном. Исследователи Высшей школы экономики моделируют пути распространения коронавируса в условиях глобальной пандемии.

В мире зарегистрировано около 180 миллионов случаев заболевания COVID-19, а количество геномов вируса SARS-CoV-2 в открытой базе данных исследовательской организации GISAID превысило 2 миллиона. Сейчас задача ученых — разработать методы для анализа этих данных.

По генетическим последовательностям вирусов можно детально проследить пути их распространения в мире— построить генеалогию (дерево заражений). Симулятор, способный моделировать подобные гигантские «деревья», позволяет убедиться, что метод работает корректно.

Как объясняет заведующий Международной лабораторией статистической и вычислительной геномики НИУ ВШЭ Владимир Щур, с помощью компьютерного моделирования прорабатываются различные сценарии, которые многократно просчитываются, чтобы проверить устойчивость метода, по сравнению с реальным миром.

В основе модели симулятора население делится на три части: восприимчивый к заболеванию, заражённый и выздоровевший. Исследователи модифицировали программу, чтобы она учитывала разные типы иммунитета и структуру популяции — то есть наличие нескольких регионов или стран, между которыми протекает миграция.

Для каждой страны, региона или популяции задается частота контактов, которая отражается через плотность населения или иные культурные аспекты. Так, туда же можно отнести и ношение масок, поскольку это дополнительный барьер для контактов. После того, как была смоделирована динамика распространения вируса, исследователи смогли построить генеалогическое дерево, связывающее виртуальные образцы, которые появились в этой виртуальной эпидемии.

Генеалогия для условных образцов, которые попали в виртуальную лабораторию, позволяет проследить развитие эпидемии. Используя симулятор, можно проверить, насколько точны уже доступные методы построения этих генеалогических деревьев.

Ранее Мойка78 сообщала при каких болезнях нельзя вакцинироваться от коронавируса. В частности, противопоказанием являются аллергические реакции на один из компонентов в составе вакцин.