Ученые из Петербурга взялись за человеческий кишечник

Мириады
бактерий в человеческом кишечнике до
сих пор не изучены. Разобраться, кто же
живет в наших с вами животах, задумали
петербургские ученые. И, разумеется, с
помощью инновационного подхода.

Понять, что же за существо там, в глубинах
кишечника, обитает, можно, восстановив
последовательность его генов. Процесс
это сложный, состоящий из двух основных
этапов.

Этап
первый — секвенирование, то бишь
разделение генотипа на маленькие
кусочки, а затем — пристальное изучение
каждого такого кусочка.

Этап
второй — сборка. Используя математические
организмы, ученый соединяет фрагменты,
иначе — риды, в единое целое. Чем длиннее
рид, тем лучше понятно, что из себя
представляет владелец генов. При этом
с увеличением для ридов возрастает и
стоимость их прочтения.

Метагеномы
— это, к примеру, геномы многочисленных
бактерий, что обитают в человеческом
кишечнике, или в почве, в сточных водах,
да практически где угодно.

К
слову, многие ученые уже давно предлагают
считать сообщество бактерий, существующих
внутри человека, полноценным органом.
И, следовательно, изучение таких
сообществ, точнее — их генома, представляет
значительный интерес для научных
сотрудников.

Для
изучения этого вопроса петербургские
ученые разработали новый алгоритм —
на основе двух существовавших ранее.
Один из них — технология Illumina,
ориентированная на короткие цепочки
ДНК, Второй — TSLR — для цепочек подлиннее

«К сожалению,
мы не знаем точно, какие фрагменты
генома к каким бактериям относятся.
Однако новый алгоритм помогает нам
спрогнозировать, какого размера будет
«белое пятно» — неизученная
область метагенома», — объяснил Банкевич.

Уже
изученная часть бактерий в кишечнике
человека, скорее всего, и есть самая
важная. Однако изучить вторую половину
тоже следует. Вполне возможно, это
позволит создать новые антибиотики или
побороть некоторые особо неприятные
болезни желудочно-кишечного тракта.